Aos Departamentos da Superintendência dos Serviços Penitenciários compete:IDepartamento de Segurança e Execução Penal: planejar, coordenar, orientar e supervisionar políticas e ações de inteligência e de controle legal, de segurança, operações, escoltas e custódias, bem como o funcionamento dos estabelecimentos prisionais;
IIDepartamento de Tratamento Penal: planejar, coordenar, orientar e supervisionar políticas e ações de saúde física e mental, assistência psicossocial e jurídica, educação, capacitação profissional, cultura, esporte e lazer das pessoas privadas de liberdade, bem como outros julgados convenientes e necessários;
IIIDepartamento de Planejamento: planejar, coordenar, orientar e controlar a execução das ações envolvendo a realização de estudos e projetos, realizar o acompanhamento e a prestação de contas de convênios e contratos de repasse, estabelecer sistemas, normas, procedimentos e rotinas de trabalho com vista à racionalização, modernização e integração de atividades;
IVDepartamento de Engenharia Prisional: realizar estudos, projetos técnicos e controle das obras de construção, ampliação, reforma, recuperação e conservação dos prédios e estabelecimentos prisionais; e
VDepartamento Administrativo: orientar, dirigir e executar atividades de pessoal, finanças e atividades auxiliares, estabelecer diretrizes para políticas de informática e padrões de documentação de sistemas de segurança de manutenção e comunicação de dados, e executar outras atividades correlatas atribuídas pelo Superintendente.