- A FAPESB será administrada por uma Diretoria Executiva, composta por 01 (um) Diretor Geral e 03 (três) diretores, indicados pelo Conselho Curador e nomeados pelo Governador do Estado.§ 1º- À Assessoria Técnica compete desempenhar as atividades de planejamento, programação, acompanhamento, modernização administrativa e avaliação institucional.
§ 2º- À Procuradoria Jurídica cabe exercer a representação judicial e extrajudicial, a consultoria e o assessoramento jurídico à FAPESB, mediante vinculação técnica à Procuradoria Geral do Estado e de acordo com a legislação das Procuradorias Jurídicas das Autarquias e Fundações do Estado da Bahia, nos termos da Lei nº 8.208, de 04 de fevereiro de 2002.
§ 3º- A Coordenação de Controle Interno tem por finalidade desempenhar as funções de acompanhamento e controle da execução orçamentária e financeira e auditoria interna, em estreita articulação com a Auditoria Geral do Estado, da Secretaria da Fazenda - SEFAZ.
§ 4º- À Diretoria Científica incumbe coordenar, supervisionar, executar, controlar e avaliar as atividades de fomento ao desenvolvimento científico e tecnológico da FAPESB.
§ 5º- A Diretoria de Inovação tem por finalidade coordenar, supervisionar, executar, controlar e avaliar as atividades de fomento à tecnologia e inovação da FAPESB.
§ 6º- À Diretoria Administrativa e Financeira compete executar as atividades de administração geral, orçamentária, financeira e contábil.