Constituem finalidades essenciais do FUNEDINS:I avançar no desenvolvimento e implantação de instrumentos de participação social e em processos solidários de inclusão social, fortalecendo o diálogo e a articulação do Governo com a sociedade e instituições não-governamentais;
II promover a participação e a inclusão política, fortalecendo o sistema de controle social das políticas públicas, possibilitando o acompanhamento, pela sociedade organizada ou não, das metas inseridas no Plano de Inclusão Social;
III buscar altas taxas de eficiência, eficácia e efetividade pelo desenvolvimento e implantação de modelos orgânicos e funcionais que possibilitem maior agilidade, flexibilidade e capacidade de ajustamento às mudanças ambientais;
IV reestruturar e modernizar os modelos estruturais para melhorar a atuação do Estado, pela redefinição das estratégias integradoras dos mecanismos de governabilidade, promovendo a sinergia na consecução das metas de Governo;
V fortalecer os mecanismos de comunicação do Governo com o mercado e a sociedade civil, estreitando as suas relações interinstitucionais;
VI avançar no processo de descentralização e no fortalecimento e integração das políticas regionais com o fim de corrigir os desequilíbrios, repensando o planejamento e a execução;
VII aperfeiçoar o modelo de gestão a fim de aumentar a produtividade das instituições e a excelência da qualidade dos produtos e serviços disponibilizados ao cidadão;
VIII integrar o planejamento, o orçamento e a gestão, inserindo métodos e técnicas que possibilitem o acompanhamento, monitoramento e a avaliação dos indicadores qualitativos de gestão que repercutam nas áreas econômicas e sociais;
IX aperfeiçoar as ações de planejamento, finanças e controle, consolidando a gestão pública fiscal e financeira, para garantia do equilíbrio fiscal, na maximização da poupança pública, na captação de investimentos públicos e privados e na otimização e efetividade dos gastos públicos;
X desenvolver o capital humano, qualificando o servidor público nos campos técnico, gerencial, acadêmico e desenvolver uma nova cultura no serviço público, com foco no modelo de gestão gerencial;
XI fortalecer e modernizar a infra-estrutura de tecnologia da informação, física e logística, oferecendo o suporte necessário e garantindo padrões aceitáveis de modernidade.