Compete à Unidade de Controle Interno da FAPEAM:I normatizar, tomando por base a legislação vigente sobre o assunto, o controle interno, acompanhando as alterações de atualização e seu devido cumprimento;
II exercer atividades de órgão setorial de Controle Interno da Administração Indireta do Poder Executivo Estadual, apoiando, no âmbito de suas atribuições, a atuação da Controladoria Geral do Estado do Amazonas em sua missão institucional;
III apoiar o controle externo exercido pelo Tribunal de Contas do Estado do Amazonas, fornecendo, quando solicitado, os relatórios de auditoria interna produzidos pelo Controle Interno desta FAPEAM;
IV propor ao dirigente máximo deste órgão/entidade as providências cabíveis, quando de alguma forma, tomar conhecimento da prática de atos ilegais, ilegítimos, irregulares ou antieconômicos, de que resultem ou não, em dano ao erário;
V avaliar o cumprimento das metas estabelecidas no plano plurianual, execução dos programas de governo e dos orçamentos da Instituição;
VI acompanhar as ações e fiscalizar o alcance dos objetivos e metas estabelecidos pela administração, por meio de indicadores e monitoramento;
VII participar do processo de planejamento setorial, produzindo informações e analisando indicadores, controlar e avaliar o desempenho administrativo e rotinas de atuação, sugerindo o correto procedimento para alcance da máxima eficiência da FAPEAM;
VIII organizar e definir o planejamento e os procedimentos para as atividades do Controle Interno desta FAPEAM, devendo solicitar à Presidência da FAPEAM a instauração de auditorias internas, que cientificará, com antecedência, as Diretorias e Departamentos sobre a realização de auditorias internas;
IX comprovar a legalidade dos atos de que resultem em realização de despesa, surgimento ou extinção de direitos e obrigações e a movimentação do patrimônio e avaliar seus resultados;
X promover procedimentos de auditoria interna e de fiscalização nos sistemas contábil, financeiro, orçamentário, administrativo, patrimonial, de pessoal e operacional desta FAPEAM, com recomendação, quando necessário, de ações que visem corrigir e evitar reincidências de irregularidades constatadas;
XI monitorar a publicidade dos dados relativos às aquisições de bens, contratações de serviços, obras, folha de pagamento, e gestão das finanças públicas da FAPEAM;
XII tomar medidas que confiram transparência integral aos atos da gestão do Diretor-Presidente da FAPEAM.
XIII apoiar os núcleos, departamentos, gerências e coordenações da FAPEAM, na normatização, sistematização e padronização dos seus procedimentos e rotinas operacionais, em especial no que tange à identificação e avaliação dos pontos de controle, com vistas à defesa dos princípios da legalidade, legitimidade, impessoalidade, moralidade, economicidade, publicidade, eficiência, segurança jurídica, entre outros;
XIV executar outras ações e atividades previstas em normas legais e regulamentares ou determinadas pela Presidência, relacionadas com as atribuições do Controle Interno;
XV supervisionar e incentivar os padrões de ética e integridade organizacional, de forma a manter em constante observância a probidade administrativa, voltada para a prevenção e combate à corrupção nas atividades desenvolvidas no âmbito da FAPEAM;
XVI apurar os atos ou fatos ilegais ou irregulares, praticáveis por agentes públicos ou privados, na utilização de recursos públicos recebidos e repassados pela FAPEAM, dando ciência ao Tribunal de Contas do Estado, quando necessário;
XVII apresentar à Presidência da FAPEAM relatório de matérias relevantes no tocante a fatos administrativos, não consistentes, irregulares
ou ilegais, demandando providências, saneadoras, mediante análise da consistência contábil, orçamentária e financeira, e da legalidade dos fatos e atos administrativos;
XVIII - elaborar Plano Anual de Atividades do Controle Interno (PAACI) e o Relatório Anual das Atividades do Controle Interno (RAACI), de acordo com normatização vigente em observância aos padrões e normativos da Controladoria Geral do Estado do Amazonas - CGE/AM;
XIX monitorar e prestar informações sobre o cumprimento das recomendações dos relatórios das auditorias internas e externas e o cumprimento do Plano de Ação decorrente;
XX prestar informações e acompanhar a prestação de informações solicitadas aos gestores pelos órgãos de controle externo.
XXI implementar o uso de ferramentas da tecnologia da informação como instrumento de controle das contas da FAPEAM.