Os recursos do FUNPEN serão aplicados:Ina construção, reforma, ampliação e reequipamento de instalações e serviços de penitenciárias e outros estabelecimentos prisionais;
IIna manutenção dos serviços penitenciários, mediante a celebração de convênios, acordos, ajustes ou contratos com entidades públicas ou privadas;
IIIna formação, aperfeiçoamento e especialização de servidores das áreas de administração, de segurança e de vigilância dos estabelecimentos penitenciários;
IVna formação educacional e cultural do preso e do internado, mediante cursos curriculares de 1º e 2º graus, ou profissionalizantes de nível médio ou superior;
Vna elaboração e execução de projetos destinados à reinserção social de presos, internados e egressos;
VIna execução de programas voltados à assistência jurídica aos presos e internados carentes;
VIIna execução de programas destinados a dar assistência às vítimas de crime e aos dependentes do preso ou do internado;
VIIIna participação de representantes oficiais em eventos científicos, realizados no Brasil e no exterior, sobre matéria penal, penitenciária ou criminológica;
IXnas publicações e na pesquisa científica na área penal, penitenciária ou criminológica;
Xnos custos decorrentes de sua própria gestão, excetuadas as despesas de pessoal referentes a servidores públicos que já percebem remuneração dos cofres públicos.
Parágrafo únicoNa aplicação dos recursos do FUNPEN, o Departamento de Assuntos Penitenciários observará os critérios e prioridades estabelecidos pela Secretaria dos Direitos da Cidadania e Justiça e as resoluções do Conselho Nacional de Política Criminal e Penitenciária.