A Estação Ecológica de Cuniã abrange uma área total de aproximadamente 53.221,2320ha, dividida em duas áreas distintas, denominadas Área I e Área II, com os seguintes memoriais descritivos:Ia área I possui superfície aproximada de 46.120,2780ha, com as seguintes delimitações: partindo do ponto P1, situado na margem esquerda do Igarapé Aponiã, de coordenadas geográficas aproximadas com latitude UTM 90944393,000 N e longitude UTM 444898,375 E, segue com azimute de 359º4556,74" a distância de 15.911,276m até o ponto P2, de coordenadas 9110304,143 N e 444833,326 E; segue com azimute de 77º2951,81" a distância de 6.500,071m até o ponto P3, de coordenadas 9111711,268 N e 451179,264 E; segue com azimute de 48º5056,78" a distância de 1.180,244m até o ponto P4, de coordenadas 9119489,512 N e 460079,661 E; segue com azimute de 89º5712,87" a distância de 6.000,359m até o ponto P5, de coordenadas 9119494,374 N e 466080,018 E; segue com azimute 134º3911,19" a distância de 18.384,216m até o ponto P6, de coordenadas 9106573,713 N e 479158,088 E; segue com azimute de 219º4814,21" a distância de 10.557,793m até o ponto P7, de coordenadas 9098462,800 N e 472399,383 E; segue com azimute de 285º3224,29" a distância de 2.287,192m até o ponto P8, de coordenadas 9099075,568 N e 470195,803 E; segue com azimute de 236º1037,40" e distância de 110,451m até o ponto P9, de coordenadas 9099014,087 N e 470104,044 E; segue com azimute de 293º5435,44" e distância de 4.085,011m até o ponto P10, de coordenadas 9100669,737 N e 466369,591 E; segue com azimute de 248º1707,31" a distância de 3.869,725m até o ponto P11, de coordenadas 9099238,000 N e 462774,469 E, localizado na margem esquerda do Igarapé Aponiã; segue por este igarapé a montante pela referida margem a distância de 32.538,668m até o ponto P1, ponto inicial desta descritiva, perfazendo um perímetro aproximado de 112.065,006m;
IIa área II possui superfície aproximada de 7.100,954ha, com as seguintes delimitações: partindo do ponto 1A, situado na margem esquerda do Rio Madeira, de coordenadas geográficas aproximadas com latitude UTM 9052113,000 N e longitude UTM 440798,188 E; segue com azimute aproximado de 237º2120,00" a distância aproximada de 2.707,720m até o ponto 2A, de coordenadas 9050652,000 N e 438518,188 E, situado às margens da área alagada do Lago do Pau Darco ou Bom Jardim; segue no sentido levogiro, margeando a área alagada com azimute de 337º3434,00" a distância de 557,340m até o ponto 3A, de coordenadas 9051168,000 N e 438305,594 E; segue margeando a área alagada com azimute de 237º5900,000" a distância de 164,280m até o ponto 4A, de coordenadas 9051081,000 N e 438166,313 E; segue margeando a área alagada com a distância de 1.965,878m até o ponto 5A, de coordenadas 9050461,000 N e 436380,031 E; segue margeando a área alagada com azimute de 255º1035,00" a distância de 54,720m até o ponto 6A, de coordenadas 9050447,000 N e 436327,156 E; segue margeando a área alagada a distância de 7.423,048m até o ponto 7A, de coordenadas 9053350,000 N e 431693,313 E; segue margeando a área alagada a distância de 4.216,339m até o ponto 8A, de coordenadas 9056197,000 N e 430091,125 E; segue margeando a área alagada com a distância de 1.678,115m até o ponto 9A, de coordenadas 9057504,000 N e 429952,438 E; segue margeando a área alagada com azimute de 28º2635,00" a distância de 461,280m até o ponto 10A, de coordenadas 9057910,000 N e 430172,125 E; segue com azimute de 356º1230,25" a distância de 3.602,886m até o ponto 11A, de coordenadas 9061505,000 N e 429933,875 E, situado na margem direita do Igarapé Capitari; segue a jusante pelo referido igarapé a distância de 9.369,800m até o ponto 12A, de coordenadas 9062604,000 N e 437026,469 E, situado na confluência do Igarapé Capitari com Rio Madeira; segue pela margem esquerda do referido rio a montante a distância de 14.476,740m até o ponto 1A, ponto inicial da descritiva, perfazendo um perímetro total aproximado de 46.678,146m.