O Comitê Gestor será composto por um representante de cada órgão e entidade a seguir indicados:IMinistério da Justiça, que o coordenará por meio da Fundação Nacional do Índio - FUNAI; (Redação dada pelo Decreto de 12 de novembro de 2010).
IIIMinistério do Desenvolvimento Agrário;
IVMinistério da Ciência e Tecnologia;
VMinistério da Educação;
VIMinistério da Cultura;
VIIMinistério do Esporte;
VIIIMinistério das Cidades;
IXSecretaria Especial dos Direitos Humanos da Presidência da República;
XSecretaria Nacional de Segurança Pública do Ministério da Justiça; (Revogado pelo Decreto de 12 de novembro de 2010).
XIFundação Nacional do Índio - FUNAI; (Revogado pelo Decreto de 12 de novembro de 2010).
XIIFundação Nacional de Saúde - FUNASA;
XIIIInstituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis - IBAMA; e
XIVEmpresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - EMBRAPA.
§ 1ºCada órgão e entidade indicará o seu representante e respectivo suplente, para designação pelo Ministro de Estado da Justiça. (Redação dada pelo Decreto de 12 de novembro de 2010).
XIIIInstituto Brasileiro do Meio Ambiente Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis - IBAMA; (Redação dada pelo Decreto de 12 de novembro de 2010).
XIVEmpresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - EMBRAPA; e (Redação dada pelo Decreto de 12 de novembro de 2010).
XVMinistério do Desenvolvimento Social e Combate à Fome. (Incluído pelo Decreto de 12 de novembro de 2010).
§ 2ºO Comitê Gestor poderá contar com a participação de representantes do Estado de Mato Grosso do Sul e do Município de Dourados.
§ 3ºA participação indígena, no âmbito do Comitê Gestor, será garantida por meio de assembléias locais, como instância de controle social.
§ 4ºO Comitê Gestor poderá convidar representantes de outros órgãos da administração pública, de entidades privadas, de organizações não-governamentais, de conselhos e de organizações locais para o acompanhamento, assessoramento e participação nos trabalhos.