O órgão de deliberação máxima da Fundação Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico – FUNCAP, é o Conselho Superior, com a seguinte composição:Io Secretário da Ciência, Tecnologia e Educação Superior, como seu Presidente;
II1 (um) membro indicado pela Universidade Federal do Ceará;
III1 (um) membro indicado pela Fundação Universidade Estadual do Ceará;
IV1 (um) membro indicado pela Fundação Universidade Vale do Acaraú;
V1 (um) membro indicado pela Fundação Universidade Regional do Cariri;
VI1 (um) membro indicado pela Universidade de Fortaleza;
VII1 (um) membro indicado pelo Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Ceará;
VIII1 (um) membro indicado pela Secretaria Regional do Ceará da Sociedade Brasileira para o progresso da Ciência;
IX1 (um) membro designado pelo Governador do Estado, dentre os indicados em lista tríplice elaborada pelas entidades de classe representativas do empresariado do Ceará;
X1 (um) membro indicado pela Fundação Cearense de Meteorologia e Recursos Hídricos;
XI 1 (um) membro indicado pela Fundação Núcleo de Tecnologia Industrial do Ceará;
XII1 (um) membro indicado pelo Instituto de Pesquisa e Estratégia Econômica do Ceará;
XIII1 (um) membro indicado pela Agência de Desenvolvimento do Estado do Ceará;
XIV1 (um) membro indicado pela Empresa de Tecnologia da Informação do Ceará;
XV1 (um) membro indicado pela Companhia de Gestão dos Recursos Hídricos;
XVI4 (quatro) membros de livre escolha do Governador dentre pesquisadores que atuam no Estado.
§ 1ºTodos os membros serão designados juntamente com seus suplentes, que os substituirão nos casos de afastamentos, ausências e impedimentos.
§ 2ºOs membros do Conselho Superior referidos nos incisos II, III, IV, V, VI, VII, VIII, X, XI, XII, XIII, XIV e XV deverão necessariamente ser portadores de título de Doutor, devidamente reconhecido, na conformidade das exigências legais pertinentes.
§ 3ºTodos os membros do Conselho Superior deverão ter comprovada experiência atualizada em atividade de pesquisa científica ou tecnológica.
§ 4ºA função de conselheiro não será remunerada, considerando-se serviço público relevante para todos os efeitos legais.
§ 5ºO mandato de cada conselheiro será de 2 (dois) anos, sujeito a uma recondução.
§ 6ºOcorrendo vaga de qualquer membro do Conselho, o Governador nomeará o seu substituto, dentro de 30 (trinta) dias, de acordo com as determinações desta Lei e com o que dispuser o Estatuto da Fundação Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - FUNCAP, para concluir o mandato.
§ 7ºO Conselho deliberará com a maioria simples de seus membros, assegurado ao Presidente o voto de quantidade e de qualidade, este último em caso de empate.